Ngày 25 tháng 3 năm 2016 tại nhà thi đấu Đại học Bách khoa Hà Nội đã diễn ra các trận đấu vòng 16. Sau vòng 16 sẽ chọn ra 8 đội xuất sắc nhất để tham gia vòng Tứ kết được diễn ra vào ngày 01/4/2017.
Một số hình ảnh tại vòng 16:
Kết quả các trận đá vòng 16:
Đại học Phương Đông 3 - 2 Học viện Ngân hàng
Đại học Thủy Lợi 1 - 0 Đại học Thương Mại
Đại học Giao thông Vận tải 2 - 0 Đại học Sư phạm Hà Nội
Học viện Nông nghiệp Việt Nam 2 - 0 Đại học Dược Hà Nội
Đại học Bách khoa Hà Nội 4 - 1 Đại học Công Đoàn
Đại học Ngoại Thương 2 - 4 Đại học Kiến Trúc Hà Nội
Đại học FPT 6 - 1 Đại học Y Hà Nội
Đại học Thăng Long 2 - 4 Đại học Xây Dựng
Các cặp thi đấu vòng tứ kết: